ロジ・ターミナル

金額的な高低は有無を言わさぬ説得力と表面的な格差を植え付けてしまいます。
同じ1時間ならたくさんもらえるほうがよい、は誰もが思うところです。
高給優遇の典型である大規模なアパレルECの物流現場は、必達すべき生産性が秒単位で課されており、実務場面では非常にタイトで休みなく作業を続けなければなりません。ひっきりなしに流れてくる作業対象と終日格闘することを考えれば、実はたいして好条件でもないと思う人も多いはずです。しかし、それは働き始めてからわかること。
貴社の現場から流出した人材が復帰を望むのであれば、門戸を開いて受け入れる旨を言い添えて送り出すことならすぐに実行できそうです。
時給の競り上がりに参加する愚は絶対に回避すべきですが、根本的な打開策を出せないもどかしさを禁じえません。
この問題は弊社も苦悶しつつ考察しております。

俗にいう「大企業」以外の中堅・中小、特に非上場組は、ほぼ全社が同じ悩みと迷いを抱えています。
今までなかったコストが強制的に課され、非正規のスタッフが求める求めないにかかわらず、一定の比率で人件費に上乗せしなければなりません。
賞与や残業代や社会保険の適用対象者拡大だけでなく、有給取得の最低基準設定と運用の厳密化は、別意で追加コストとして企業にのしかかってきます。
他社事例ですが、圧倒的に「制度改正のたびに最低基準だけは順守」です。
労働組合の有無もあまり影響しないようです。もはや労使対立する状況ではなくなっていると聞いています。
追加情報ですが、労務基準の変更以前に労働力確保の問題が深刻化しつつあります。
このQ&Aの他社質問もご参照ください。

物流現場に限ったことではありませんが、給与体系の二重化は厳禁です。入社年次による違いで基本的な支給内容が異なる会社もありますが、同じ仕事をしているスタッフ間に会社不信や不平不満などの感情的マイナスが生まれるリスクが高まります。全スタッフについて「雇用契約の変更と共通化」をすぐに実施する必要がありそうです。
ルール変更は事前の猶予期間を設けて全員に告知するべきで、個別のヒアリングや質疑と応答にも丁寧に対応しなければ、財産ともいえる業務スタッフを失う結果になります。
俗にいう「餅代」「お年始」のような慣例を廃止する傾向は増加の一途ですが、その過程を乱暴にすると、目論んだコスト効果では埋めきれない損失が発生する可能性もあります。
特別給の拠出の有無は企業判断です。普段の仕事量よりはるかに少なく、割増しの賃金と会社からの心付けがあるというだけで、出勤する方々も少なくないと思います。
他社でも厚遇や物的手当で報いる現状が多く見られます。家族構成や生活スタイルの変化とともに年末年始に対する「特別な数日間」という意識が薄まってきつつあります。普段より厚遇であれば出勤してもよいと考えるスタッフは増えているようです。医療や介護、流通や警備などの業界では以前からそのようになっています。

人口比率的には50代以上の人材活用が大きな命題となっている国内物流現場の現状ですが、かたやでご質問内容と同趣旨の企業要望も増え続けております。
成功例を挙げると、

１）勤務時間・曜日を本人希望に対応できるシフト管理体制
２）託児所・送迎バス・社食や売店の完備
３）多能工化の徹底による固定チーム制の廃止

あたりが目立ちます。
特に、１）は管理者側の工夫で即実行できるためお勧めです。
採用広告に「働く時間・曜日は可能な限り希望に応じます」的な文言を入れるだけで、応募数や年齢層の拡がりがあった事例が多数です。
２）はコストや設備などのハードルが高いので、即効性という点では劣りますが、託児所設置については専門のコンサルティング会社がいくつかありますし、送迎バスは地域によって、タクシー会社やバス会社が企業向けサービスを提供しています。貴社の運営規模なら一考に値すると思います。
３）は人間関係の摩擦・馴合い防止だけでなく、１人当たりの生産性向上による人件費削減効果が得られるので、是非励行してください。１）の運用に大きく寄与するものでもあります。

2回連続でゼロはさすがに厳しいですね。
他社では物流関連企業からの転職組などが多いようです。事業会社の物流部門からの募集自体が少ないので、関東・近畿エリアでは掲載と同時にエントリーがそこそこあると聞いております。
貴社所在のエリアでもその傾向は同じと考えてよいはずですので、掲載内容の変更によって改善する可能性が高いのではないでしょうか？
想定採用年代が30代半ばぐらいまでの記事内容なら、業種業態的に優先順位が上がらないかもしれません。対象を40代前半あたりまで拡げても実務には支障ないはずですので、ご一考ください。
あくまでイメージなのですが、業界に詳しくない人材は重厚長大関連の製造業への反応が鈍いと聞いています。
近畿エリアでの実例として、貴社の近似業種で同じ相談を受けたことがありました。
開発や製造部門の詳細などを載せ、それに続く「顧客サービスの最終部門」的な内容を強調する原稿を作成したと記憶していますが、希望通りの採用結果となりました。
採用活動には確固たる正解がないので、根気強く再掲載してください。
歴史ある優良企業ですし、必ず応募はあると信じて疑いません。

国会で「パートタイム労働法」の改正と2020年度からの施行が決定されたので、コンプライアンス上は要件該当の全企業に課されることになります。
企業対応の実情や内容、進捗について、ロジ・ターミナルでも情報収集中です。
流動的ではありますが、基本一時金（俗にいう半期賞与の中で「基本支給部分」）は該当せず、個人の能力・業務考課と部門支給原資の配分が、一定の要件を満たす非正規従業員への支給賞与明細というのが基本線となりそうです。
工場や倉庫などの現場従業員向けの詳しいガイダンスも追って発表されると聞いております。
管理責任者としては収支バランスの変更や過不足ない割当の算出で悩ましいところですが、避けて通れない労務要件ですので、適切な対応を期待いたします。

空調設備のない庫内作業は、今や「辛い」ではなく「危険」となっています。
給水や休憩の頻度アップ、大型送風機の追加、コスト覚悟で空調設備の導入、など各社対応に苦慮しています。

一案ですが、夜間・早朝稼働の導入はいかがですか？
夏季の受注〆時間変更と出荷対応」を取引先にも理解してもらい、12時間程度の時差（出荷の1日後送り）を設けることができれば、21時から翌朝までの作業時間が確保できます。
環境としては、酷暑の日中よりもはるかによいと思います。
その時間帯に出勤してくれる人員の確保が課題ですが、いきなりシフト化せず、お試しで体験してもらうと夜間早朝勤務の長所も体感できるようです。

あくまで弊社意見ですが、60才以上では、同作業・同時間・同年齢なら、女性作業員の生産性が高くなる事例が多いと認識しています。
ひとつには、女性従業員は現在に至るまで何らかの作業仕事の経験がある方が多いため、現場への適応が早く勤務リズムを自分なりに作り上げることに長けている、という理由が大きいのではないでしょうか。
男性が劣っているのではなく、未経験で不慣れで従前は頭脳労働が主だった、などが要因でしょう。

勤怠については性別を持ち出す以前の問題ですので、相手を問わず是々非々で判断されるべきです。

投稿原文からはトラブルや労務品質の低下を憂うお気持ちが伝わってきました。
他社でも導入増加の事例が多数あり、この流れは変わらないと思います。
同一企業内の従業員が同一の勤務形態・労務規程を適用される時代は終わりを迎えております。なので部署間や部門内の「平等」や「統一」といった内容も変化しています。
ご質問のポイントですが、他部署との比較よりも、個人の生活リズムが変わる可能性が高い点にデリケートなケアが必要と考えます。家族との時間が減少したり、余暇の過ごし方が変わったり、などです。
当該社員の方との面談と具体項目の確認を重ねることで一定のトラブル回避は可能です。社員本人だけでなくその家族の生活リズムが変わる話なのだという意識をもって面談ください。
パート従業員へのヒアリングと手当ても同様の心遣いをご失念なきよう、と進言いたします。

関東エリアでは高齢者の現場雇用が増えています。
若年層の現業離れと人口構成比の変化が根底にあるので、この傾向は強まる一方と考えます。
年齢という数値だけで考えると、せっかくの有能でありがたい戦力の獲得機会を逃してしまいかねません。
まずは面接されてはいかがでしょうか？
50代・60代の募集を積極的に行い、採用数を増やしている企業は少なくありません。

一概に「高齢者」と括れないほど体力や体調には個人差がありますので、面接時のヒアリングと既往症や持病の申告を勘案のうえ作業配属しているようです。
従前経験などから受持ち作業の適性を予測し、複数現場の順次試用後に決定するなど、高齢者だからといって特別なOJTは必要ありません。
人口動態を考えると高齢者雇用は不可避です。
減点方式を排して、前向きな雇用スキームを自社なりに策定ください。先行他社では成功事例多数です。

すでにいくつかの書籍や資料に目通しされているようですが、もっと具体的な計算式をご要望ということなので、それに対する回答をいたします。
人員数は現在の「現象」であり、把握すべき「現実」は総工数とその処理時間の設定から導かれます。
業務を分解して各要素の所要時間を試算・試行の後に決定し、それらの総和を従業員の労働時間に割り付けた結果が「人員数」となるべきなので、パラメーターに人員数を設定すると、答に式を合わせるような手順になります。
予想業務量と予想処理時間に対する必要人員数が結果としてどうであったのか？
その検証を繰り返し行うことで、予実のぶれが小さくなってゆくはずです。
つまりは他社の資料や方法は必要なく、現在貴社にある情報だけで十分に測定可能です。

派遣依存度50％超の倉庫は珍しくありません。
自社倉庫ならば当たり前のように派遣会社（運輸系と人材系に二分）が入っていますし、プロ集団であるはずの倉庫会社でも、一定比率もしくは繁忙時に利用しています。
偏に「採用と定着」が難しい、もしくは固定人件費抑制のための繁閑差対応、という理由によるものです。
「労働力＝人数」となる現業現場では人員確保の不安定は業務リスクと同意なので、派遣会社は必要とされています。しかしコストと人材についても多くの企業が不満を訴えており、派遣各社に要望やクレームが絶えないのも事実です。
会社によっては「必要悪」と割切っています。「高くて悪い」を承知で利用しているからです。
採用は全企業の課題です。月並みで当たり前の回答となりますが「全員直接雇用」が理想。
そして、そこに至るまでの期間を派遣で手当て、が最多パターンです。
紹介予定派遣の活用もよく耳にします。

対応は大別できます。

「従業員から申し出があれば対応する」（消極対応：その都度対応するので従業員の労務管理にムラがある）
「取得をルール化し、規定作成とその配布による周知」（積極対応：全員に情報開示を行い、取得ルールに則り運用）

したがって人件費予算も「基本予算＋有給対応予測額」と組むか、「全員の有給日数込みで人件費計算」となります。
遵法と健全性なら後者に違いありませんが、多数の中小零細では教科書通りの実施運用が難しい事実も否めません。
社会的には労務遵法がより強く求められる傾向に拍車がかかるのみなので、「企業経営の絶対義務」と認識して臨む覚悟を決めていただくしかないと考えます。
人材確保や維持の効果を成果物として享受できる。それが結論であり正解としている会社が多いと存じます。

物流現場の勤務曜日・時間の制度変更は増加の一途です。
労務管理の厳格な企業では、既存の雇用契約のまま移行すれば、多大な追加コストが発生します。
他社事例ですが、土日祝祭日や夜間勤務のパート従業員には、雇用契約自体の変更を積極的に進めています。
新規雇用の場合には言わずもがなですが、既雇用の従業員に対しては、まずヒアリングし、本人同意による雇用条件の変更を取交わします。
企業の雇用ニーズや業務工夫の多様化と同様に、労働者側の希望条件も多種多彩となっています。
まずはアンケートなり個別ヒアリングなりの実施が必要と考えます。
現状制度に則った休日手当や残業代の試算額よりも大幅に抑制可能、が報告されております。

最近多い質問です。結論から言えば「正社員」という定義が変わりつつあり、労働日数や時間などの多様化が進んでいます。
正社員の中で区分を設け、年俸制への移行、退職金の廃止、各種手当の見直しなど、労務遵法の枠内で、自社に好適な制度策定に力を入れる企業は増加の一途といえます。
ご質問に対する答えは「とても多く、今や当たり前のようになっています」です。
運用については労務の専門家にご相談ください。

合計で30人弱のパート従業員がいるわけですが、退職者の平均在籍期間はどうですか？
3年で全員が入れ替わるようなことはなく、離職率が高いのは半分かそれ以下で、逆に10年超のベテランも相当数いるのではないでしょうか？
採用広告の内容に誇張や虚偽がないのであれば、定着率向上の施策は別に考える必要があります。
シフトの固定化や属人化の長期放置あたりから分析すべきです。
多能工化への取り組みが解決の糸口であり、最優先事項ではないかと推察しております。
ご参考までに弊社ブログ「物流よもやま話」にある関連記事「業務と労務」をご一読ください。

契約当初からそうだったのか、途中からミスが増えたのかによっても着眼の違いが多少あります。
現状がすでに異常値としか思えませんので、早急なチェックポイントとしては以下のとおりです。

1) 入荷予定表の書式と入荷検収方法、在庫計上までの業務フロー
2) ロケーション管理方法と入荷品の棚入れ作業ルール
3) ピッキングリストの書式と作業ルール
4) 梱包時の最終確認

最低でも上記4項目の実施状況と各フローでのミス防止策などをご確認されるべきです。
また、貴社社員の方々のみで実棚卸を緊急実施される必要があります。
まずは事実調査を優先されることをおすすめします。

弁護士に相談されることについてはコメントする立場ではありませんが、あまり良い結果にはならないと推察します。
ミスの急増と倉庫責任者異動の因果関係が、状況的には「推測」されますが、はたしてそれだけが原因なのだろうか？とも感じます。
下記の項目のような内容のチェックはされましたか？

1）業務フローの開示とミス発生個所の集計
2）発生ミスの分類と原因の開示
3）ミス発生後の修正方策とその効果

まずはこの3項目を倉庫会社からヒアリングする必要あります。
その内容によって次の行動を決定すべきと考えます。
上記の内容確認なく責任者変更やペナルティの強要は不可とお考え下さい。原則としては業務契約（寄託契約）の範囲で起こったミスという「行為」に対する賠償請求はできません。
在庫差異については実損として原価での補償が一般的です。

素朴な疑問ですが、責任者の異動だけでなく、現場担当者やパート従業員の配置転換もあったのではないのだろうか？と思えて仕方ありません。
責任者が変わってすぐに現場の作業品質が激変するとは考えにくいからです。安定している現場は短期間で容易く乱れることがないはずです。
そのあたりもヒアリングされるべきかと思います。

なぜ委託先が貴社の望まない対応を「あとだし」で主張して譲らないのか？
反対側から考えてみました。（反対側にいた者の一人なので）

1）倉庫会社の従業員数不足とシフト可動域の狭さ。
2）想定能力の低さ。
3）人件費上昇による従量労働経費の抑制。
4）根本的な業務フローの欠陥とその認識欠如。
5）値上申入れ前の伏線。
6）貴社よりも利益の残る新規顧客の引き合いがある。

これ以上の列挙は貴社に何のプラスになりません。疑心の裏付けと理解にしか役立たないので、業務改善からは離れていくだけであると思います。
委託先の背約に憤り困惑されるお気持ちは十分に理解できます。
しかし、この機会に「本当に現在の委託先の業務フローが適当なのか?」を再考なさってはいかがでしょうか。
実はこの何年間も委託内容が変わっておらず、「ギフト品＝手数のかかる凝った装飾は必須」といった「掟」のような慣例的無関心を続けてきたということはないのでしょうか？
現委託先の対応は拙いと感じますが、倉庫会社を乗り換えても慇懃無礼に貴社の要望を不可としたり 、‘ 単価アップ ’ の条件付きで可とする可能性が大きいと思います。
自社内で自らの物流業務設計と検証をテーブルに載せてみるべきです。

自社物流の最多質問かもしれません。
全社に当てはまると断言はできませんが、大きなポイントは以下のとおりです。

1）ロケーションの切り方と同型別品番のわりふり（サイズ・カラー別SKUの棚ふりルール）
2）ロケ番と品番表示の簡素化・視認性向上。それに合わせたピッキングリスト。

となります。
現場によって業務設計・補助備品や書類は異なりますので、あくまで基本的な共通事項としてお考え下さい。
物流よもやま話｜個数行数テカズアシカズ
物流よもやま話｜経営の隠針「現場の底力」
もご参照ください。

ご質問のエラー対策ですが、例えば「本社」という名称の顧客コードを用意し、不良品をそのコードで「取置品」として引当てしまう、というのはどうでしょうか？
これでローカルとマスターが合致します。
在庫修正処理が不可なのであれば、返品処理等の終了後に、特記付きのゼロ伝でデータ上のみ出荷完了。
社内他部門との調整が必要だと思いますが、一案として回答いたします。

出荷の週波動やロケーション管理、梱包荷姿、総行数・総ピース数・総個口数が不明なので、シングルとトータルの選択判断が難しいのですが、ご記述の内容通りであれば、特段の変更は不要だと思います。ほぼアナログの自社物流でもここまでやれる、のお手本と評価させていただきます。
システム云々の検討より、現状の業務フローをさらに研ぐことで、誤出荷・在庫差異はさらに減少するはずです。
一つ言い添えれば、せっかくのJANコードなので、入荷計上、在庫管理、ピッキング時と梱包前の「チェック」に利用してください。多くの企業がWMSを導入する理由がはっきりと理解でき、納得できるかもしれません。
その先の方法論は個別対応の範疇となります。

在庫差異による欠損分については、原則として仕入原価での補償が一般的です。
しかしながら、委託先倉庫と貴社が双方合意の上で原価以外の補償基準を設けることには問題ないと考えております。
一方で業務ミスに対するペナルティの要求ですが、強要すれば下請法などに抵触する可能性大です。罰金名目での支払額からの一方的な控除などは完全に違法となりますので、くれぐれも慎重に行動してください。ちなみに昨今は稀になりましたが、単なる請求完了後値引きの先送りでしかない毎月の支払い歩引きについても同様です。

「通常業務における荷役ミス」という行為自体への金銭的補償は要求不可が原則です。
結果に対する引責よりもミスの原因を双方で追及すべきです。必ず判明しますし、防止できるはずです。

一般論というか、教科書的には「入荷時の検収・検品は基本事項」となります。
しかし、入数違いや不良率が非常に低い場合は、簡略化するケースが多いことも事実です。
上流の生産管理が最優先の改善点であることは当然ですが、物流機能を具備しながらの商品不良率3％前後は業務品質の許容範囲を超えています。生産品質の改善がなされるまでの間は、全量検品すべきであると思います。
納品先の許容限界は建前として「不良率ゼロ」であるとお考え下さい。

取置や交換無料サービスは一時急増しましたが、現在は減少の一途です。
カスタマー対応の複雑化が生み出す物流コストの増加、業務ミスの多発など、その負担を吸収できる売上増の効果が得られない結果に終わることが多かったからです。

貴社の場合は購入者へのサービス訴求内容を、そのまま庫内作業に持込んでいるところが修正点です。
改善点は「入荷予定情報の精度向上と安全在庫ライン設定による欠品防止」です。これによって実取置は消えます。
客注品が揃った段階で引当処理→出荷指示とすれば、注文形態の個性が消えて全受注がすべて同じ処理になります。
受注管理と現場事務の仕事であり、その内容を現場作業者に伝える必要はありません。

入荷時の検収手順と計上が最初の精査点。
その次は返品再計上数と伝票数、返品側の控えと荷受側の受領書の突き合わせ。
更には期末を跨ぐ未処理品データの存在の有無。
その他、取り置き品の受注処理状況やクレーム代替品のスクランブル出荷時のデータ処理、廃棄品や簿外品の除却処理データ、営業直持出しサンプルや展示会用出荷品の事後処理、、、などもお調べください。

他社でも多いパターンです。ブログ記事のとおり、そうなっている「前提条件」に問題があるのではないでしょうか。
入荷計上と出荷梱包は単純作業で、中間のピッキングが業務の核になっている。ピッカーはベテラン揃いで、ロケーションを暗記しておりピッキングリストや納品伝票を一瞥すれば、作業動線や順序、梱包時の注意事項まで指示できる。
弊社の物流専門職養成と業務課善の歴史は、そんな倉庫現場の根本的な修正が主だったと補足しておきます。
熟練や経験値は尊く、年功に対する敬意は不可欠ですが、作業内容によっては必ずしも利点となりません。
貴社ではリーダーであるピッキング担当者の能力が自社物流の限界と同じであり、リーダーのミスは部門ミスと同じです。属人性過多で別人が内容確認できる関所がないため、エラーのほとんどはデータとの差異による欠品や棚卸、誤納品でしか判明しません。物流機能の健全性を維持するためにも、業務フローに確認ポイントを設けるべきです。
一番工夫ができ、余裕をもって臨めるのは「入荷」です。勝負の9割はそこで決まります。
物流改善＝入荷改善＝自社工場の出荷ミス調査と入荷作業の不首尾、まで及ぶ可能性が大です。
上席の経営層が旗振りとなっての着手が必要です。

似たような事例がいくつか浮かびます。
開梱・開封・シールはがし・封帯切れ。事例元各社の対応は二つに分かれます。

1)開梱して検品後、原状に近い状態に戻して発送する旨を告知して販売
2)販売画面上で商品到着後に不具合がある場合の対応を説明。同内容のリーフレット・返品用書類・送り状を同梱

という内容でした。

ある会社（アメカジのセレクトショップ）は、購入者に結構な額のクーポンを発行する条件で、レビューを書いてもらい、商品が正規品である旨を訴求していましたし、着荷から開梱・検品・再梱包までを動画に撮り、サイト上で流して説明というのもありました。
いずれにしても「事前告知・事前情報開示」がキーワードになっているようです。対面販売・購入前の現物確認ができないECの宿命ですので、貴社も購入者を中心にヒアリング調査のうえ、入出荷業務を構築されるべきです。
物流マター以前に販売戦略の意思決定が必要だと思います。

金額だけの比較は同じ轍を踏むことになりかねないので、提案内容の比較検討をするべきです。見積依頼先に「今これで困まっている」「こうなって欲しい」を伝えた結果、複数社から類似金額の見積回答、、、ならばそれは妥当と判断するしかないと考えます。
「するしかない」という表現の理由は、貴社が自社の物流業務設計を行い価格算出できないのであれば、相対比較による判断以外に選択肢が持てないからです。いただいた情報からでは現状エラーの原因が探れませんし、改善の出口を指し示すこともできません。自社の物流業務を自らが説明できるようになっていただきたいと思います。
詳細と具体的な指摘は個別相談でないと対応不可な内容です。

頂いたご質問文面からは業務の全体像が見えません。
ゆえに、的確な指摘が難しいのですが、入荷予定と受注引当のすり合わせ、入荷前日までに着荷→検品→在庫計上までのSKU別優先順位確定、作業工数に必要な人員の割り付けなどは行われていますか？
この流れができていないと「出たとこ勝負」的にコンテナ向かって「かかれー！」、という状態になりがちです。
事前段取りをロールプレイし、予定を立て必達する。それだけで即日引当・即日出荷できるものが相当数確保できるはずです。
他社平均という指標は存在しませんが、売越や予約分は入荷検品完了後に即出荷が物流部門の責任であると考えます。

ご質問の事例ですが、山ほどあります。
大手のパーツメーカーや部品商社などでも現場工夫の連続で「ゼロ」に近づける努力を絶やしません。そして、バラピックを行いながらミスゼロになっている会社はありません。
たとえばですが「名刺サイズの小箱に入数100個」という小さな部品にバーコードを貼付することは不可能です。
なので、5個とか10個という単位でPP袋に小分けしてシール貼付でバーコード化する、などの手間とコストをかけての対処策で業務をこなしている実態がほとんどです。顧客に入り数の理解を得なければならないために、営業部門に負担がかかったり、反発を招いたりすることも多いと聞きます。

結論として、上述した類のデジタル化への投資や顧客説得が難しいのであれば、現状の環境を受け止めて、アナログでも誤ピックしない仕組みや、梱包時にもエラー検出できる業務フローを考えるべきです。

2019.7.19追記：関連記事「経営の隠針「現場の底力」もご参照ください。

在庫管理は多くの会社が抱える問題のひとつです。
差異は在庫表を見たり出口にあたる出荷をチェックするだけでは修正できないケースが殆どです。
新規入荷と返品再入荷、定番品のシーズンキャリーがあるのであれば、リバイバル後の再計上。
このあたりまで探らないと原因は判明しないと思います。
まずは入荷に絞って徹底的に調査してみてください。

ECに限らず、この数年間は全企業がコストアップを止むなくされています。
委託・内製の別を問わず、物流機能を持つすべての企業が労務コスト上昇に起因する配送料と作業単価の改訂に見舞われています。
各種報道のとおり、労働力確保のためには近隣の類似業種と同等もしくはそれ以上の条件提示が必要となっており、今や現業の雇用情勢は完全な売り手市場となっています。
特に、首都圏や中部東海、近畿などの都市部では加熱の度合いが顕著で、コストバランスの破綻が危惧されています。
外部委託ならば、倉庫会社が自社のコスト上昇分を吸収できなくなり、やむなく荷主企業に転嫁せざるを得ない実情が顕在化しています。
足下のマークダウンに苦しんだ結果の値上げ要請ならば、一定の理解は荷主側に求められるところであります。
個別の単価にこだわるのではなく、業務全体の再検証と総作業時間の削減を委託先と取り組むことが最も建設的と考えます。

完全内製ということですので、客単価6000円前後なら貴社の物流経費はまったく問題ありません。
梱包サイズも100以下がほとんどを占めるはずですので、商材の特性上、割れ防止や固定用の資材費がかさむことを考慮しても及第以上と評価できます。現状の業務フロー次第ですが、総労働量を減らすことができるなら、更なるコストダウンができる可能性もありそうです。
特にバルク仕入商材の充てんおよび箱詰め作業を内製化すれば、かなりのコストダウンができること明らかです。非常に簡単な手続きと設えで実現できますので、ぜひご検討ください。（宣伝ですが、弊社もその類の段取り得意です）
それから梱包作業にも改善できる要素がありそうですが、これはあくまで経験上の勘です。
貴社の実数値ヒアリングや計測の根拠もなく記しておりますので、そこはご理解ください。

倉庫が所有の場合、一般的な物流経費率を計算する際には、周囲の相場賃料をあててください。
（あくまで他社と比較したいというのであればです。貴社が実運営をきちんとできているなら無用です）
巷の奇妙な宣伝数値に惑わされる必要はありません。実運用の統計値として、何の根拠もありませんので。

弊社のコスト比較シミュレーションをご覧いただければ瞭然ですが、物流業務の原価項目には人件費と倉庫維持費用（賃借か保有かで異なりますが、一般的には近辺の賃貸相場をあてます）と雑費や光熱費等しかありません。
乱暴な説明をすれば、見積や請求項目は原価に利益を加えた総額を割り振るための文字列であり、その明細の仕分けや表記に大きな意味はありません。
なのでヒアリングもせずに「1出荷〇〇〇円」などの価格表記する会社も存在するのです。
「貴社の物流業務を月平均で◇◇◇万円でやります」と返されれば、さすがにどの企業も困惑し見積根拠を求める訳ですから、積算作法として作成している側面は否めません。
事務費用の比率についてですが、一般的と回答できる数値は存在しません。
むしろ、業務フローの詳細な説明と、現状の問題点改善や未達希望をいかに叶えてくれるのかを徹底的に聴取したうえで決定されることをお勧めします。
項目別・総額の比較前にこだわるべきはそれです。

資材については、物流現場担当者や物流会社の人間でないと実情が理解しにくいことが多々ありますので、ご質問の内容はごくごく普通の疑問であると思います。
まず、委託先の物流会社が一定の荷主数と実績を維持しているのであれば、資材原価に過剰な利益上乗や廉価品を使用するということは考えにくいと思います。
弊社ブログにもありますとおり、資材費や配送料金の立替請求で荷主とトラブルを起こすことほど愚かで得るものが無い行為はありません。
再度ご確認いただきたいのですが、

1）資材の種類（カートンの型数、袋類の型数、緩衝材の型数、ラッピング資材の型数等）
2）名入れ印刷の有無
3）各資材の紙質や印刷規格（例えば段ボールなら強度や厚みなど。袋類ならpp加工や厚み）

以上を委託先にご確認いただいて、その内容で改めてインターネットで宣伝されている資材販売額と比較下さい。

作業内容が確認できないので、単価だけで判断するのは乱暴すぎますが、京阪神エリアでの平均的な作業単価よりは高めの設定となっているようです。
貴社所在地の近隣もしくは近県の物流会社をお探しのようですが、その理由に「距離」以外の要素がないのであれば、愛知県北部から岐阜にかかる中部エリアか大阪の泉州エリアにあるアパレルに特化した倉庫会社から見積をとられてはいかがでしょうか？
あくまで予想ですが、半額は微妙な線にしても、3割程度は下がると思います。かつ品質が上がる可能性が大です。

現状を拝見しておりませんので、明確な回答ができないのですが、自社から委託に切り替える場合、半数以上が保管面積増加となり、2倍以上の拡張も珍しくない事例です。
営業倉庫には「一定の基本事項」があり、保管もそのひとつです。入荷から出荷完了に至る業務の流れを考察した上で、好適な保管形態を選択していると思いますので、見積提出した2社の全体説明を再度検証なさるべきです。
想定を超える数値・金額提示への戸惑いや消化不良はとても理解できますし、今回が初めての外部委託であればなおさらです。
倉庫会社の説明に不明点や不整合がないのであれば、その提案は一定の正当性があるという判断も必要かと思います。

ご質問のような事例は、作業内容を問わず、相場金額を調べて比較する必要はありません。
作業の工数をシミュレーションし、開始から終了までにかかる時間をアイテム別に計測します。
ダブルチェックなら、ファーストチェックとセカンドチェックの内容と所要時間、作業切替のインターバルタイム、入荷カートンを作業場まで移動させる所要時間、検品後の後処理時間、などを実作業に従って、区分・計測します。
もちろん作業前後のロス時間を加えなければなりません。
1ピースあたりの検品に要する所要時間がロス・切替込みで5分だとすれば、1時間に12ピースの検品、3分なら20ピースです。試算の検品数に単価をかけてやれば、1時間当たりの検品作業料が出るので、それが2名の作業者のコストとしてどうなのか？というように、委託先の見積コストを起点として考えるのではなく貴社内で実作業のうえ、試算・比較されるべきです。
先方の利益を考慮しても「高い」と判断されるなら、その根拠となる作業シミュレーションと所要時間の提示とともに、話し合いの席を設けるべきと考えます。

現倉庫と移転先倉庫の打ち合わせの有無によって回答が変わります。
受入れ先の要望に現倉庫が対応するためのオプションがあるのか否か？
移転梱包の仕様や手配車両の台数とスケジュール、作業人員数などの明細はどうなっているのか？
そのあたりがコストの変動要因となります。
「倍近い」という評価の積算根拠も不明です。
唯一申し上げられるのは「全量を一か所に一斉出荷した場合」の金額と比べてどうなのかです。
大型のチャーター便を使用して、梱包明細は通常通り個口ごとに付ける。
これなら「移転用の特別見積」ではなく「約定単価での積算」となります。
移転先倉庫を交えて、ご検討してみてはいかがでしょうか。

蛇足ですが、こういうケースでは「その時の立場はお互い様なので」という暗黙の了解で、移転元と先の倉庫同士が打ち合わせて、つつがなくことを終えるというのが通常のあるべき姿です。

いくつかの不明点があり、その内容で回答が変わります。

1) ロケーションは固定ですか？それともフリーですか？
2) AWとSSでのロケーション切替は当然の要望ですが、裏シーズン品は「入出荷ゼロ」になりますか？
3) その倉庫では他社寄託商材で、サポートやネステナーなどを使用して2段、3段と積んでいますか？

1)が「固定」でSKUとの紐づき方とWMSの仕様によっては、入替え自体が困難な可能性があります。
2)の回答が「結構な頻度と数量でランダムな品番の出入りがある」なら、箱詰めして積上げるのは不効率です。
3)の回答が「ある」なら、原因は1)か2)か両方か、となります。積上げての保管は不動品対応とは限りません。

その各々の段積や区画自体がロケーションという可能性も考えられるので、他社と自社の違いの理由を質問されてはいかがでしょうか？
「保管料の減額を嫌っている」というニュアンスの疑義だと思いますが、単刀直入に問いただすのが最良と思います。

物流倉庫の請求や見積項目はまちまちです。ご質問の「設備使用料」が請求項目としてどうなのか？についての合理的な説明付きの客観的評価は難しいだろう、が率直なところです。
業務を大別すれば、入荷・保管・出荷・配送・情報処理管理の5つなのですが、各項目区分や名称、明細表記は倉庫会社によってさまざまです。
我々専業者でも「？」と感じる表記や項目設定も珍しくありません。
原価項目はどの倉庫会社もほぼ同じなので「利益の取り方」＝「見積もしくは請求項目の書き方」とお考え下さい。
「設備使用料」が「設備維持費」になったり「現場維持管理費」になったり「その他諸経費」であったり、2項目に分かれていたりもします。

明細不明ですので、断定的な物言いは避けますが、個配料金は請求マージン額の違いで差額発生しているだけで、貴社の基本運賃は同じ個配会社で同地域発送なら変わりません。
荷役と保管料と事務・システム経費・資材費などですが、30％前後の差はあり得ます。
双方が近隣エリア所在で似たような人員配置、一定以上の業務品質でミスが少なく、組織構成もしっかりしており、営業担当と現場担当の割振りがあって、という至極普通の物流会社の場合には、今回とは逆に「判で押したような」似通った見積が出てくるはずです。それなりの経験値を持ち、健常な経営を続けている企業ならば、着地が同じようなところになるからです。
出荷件数と行数、年間入荷数、平均在庫数、梱包形態などによって、コスト計算は変わってきますので、現状と新規見積の優劣を判断できません。物流会社の原価は建物の建築費もしくは仕入費（賃借料）に設備費用並びに維持コストと人件費です。そこに大きな差があり、その上に積む利益にも差がある場合、30％程度の総額差はあり得ます。
業務品質の加減評価をゼロにしての説明とお考え下さい。

圧倒的にリースです。リフトだけでなく庫内の什器備品類は相当比率でリースだと聞いています。
大手ではトヨタL&F、住友フォークリフト、ニチユ。その他ディーラー。リフトだけでなく庫内用品もリフト販売会社が扱っていますが、その分野には工場・倉庫専門の備品販売会社もありますので、各社見積を取寄せて検討されているようです。
棚類は長く使えますし、取扱品が大幅に変わらなければ、買い増しも容易くできます。リフトについては、バッテリーが微妙に進化していますが、タイヤ類の消耗品も含め、総じて数年で陳腐化するほどの改良は見られませんので、購入でもリースでも支障ないと思います。

過去に拙サイトの記事でも掲載しましたが、物流コストの平均値自体が眉唾です。保管料単価や荷役の業種業態別標準値など誰にも判らないはずです。実態把握するすべがないからであり、「大体こんな感じ」の無難な数字が発表されているとお考え下さい。
弊社の独自データでは貴社業種業態なら21％は「高くも安くもない」となります。前提条件として「委託倉庫にミスが少なく、その他取引上で大きな問題がない」と想定した上で、です。同条件で18％なら「安い」となります。
以下はその判断理由です。
売上や粗利率、客単価、平均運賃が不明ですので、60から100サイズが荷物の8割を占める設定で、あとは貴店の販売サイトを拝見し、同ジャンル内でありがちな数値を想定して回答しております。
客単価と配送料金のタリフ次第で「物流経費率」は大きく変わります。したがって他社との純粋な比較が可能なのは、物流コストの対売上比率ではなく1出荷あたりの実費用額だけであるとご認識ください。
本来であれば、月平均の入荷総数と出荷件数、保管面積とSKU数、1件あたりの平均行数とピッキング数、梱包のバリエーションなどが出れば、総業務工数と時間が出せるので、コスト割付けが可能になります。その後に送料を足して売上で除してやると、ご質問の「売上対比率」が算出されます。
委託の場合、そういう情報の開示は難しいので、自社で試算してみることをお考えになってはいかがでしょうか？

ご憤慨はとても理解できますが、結論から言えば、契約書の内容が優先されると思います。
解約要件に該当しない事由による契約解除は荷主側の自己都合解約とみなされますので、契約満了日までの保管料と実働荷役料、システム使用料、その他維持費項目があればその費用を物流会社は請求できます。
営業倉庫登録のある会社なら倉庫業法に基づいた権利が認められているので、事前の話し合いなく争うのは得策ではありません。ましてや一方的な支払拒否および減額は絶対にしてはいけません。貴社からすれば「相手こそ一方的ではないか」という言い分があり、度重なってきた不信や不実に対する憤りは我慢の限界、は理解・承知していますが、支払いを用いての意趣返しなどはなさらぬよう、どうか冷静に対処してください。
もはや弁護士などに相談されるべき状況となっているのかもしれませんが、仮に訴訟を起こして事の是非を問うても、裁判所からはすぐに和解の勧告が出され、「倉庫側の強引な通知の不手際と荷主側の頑な拒絶が相殺扱いされる」というのが関の山です。つまりは訴訟費用と手間のみが余分な実損として出て行ったという虚しい結末が待っていると想像できます。
次の委託先が見つかれば縁が切れる相手である、と割り切って、理性的な話合いは難しいのでしょうか？
争いは失うもののほうが多い、が弊社の知る大半の事例です。

皆さん苦労していらっしゃいます。
としか言いようがない質問ですが、いきなり指示が飛んできた戸惑いはとてもよく理解できます。たくさんのご担当者の相談を受けてまいりましたので、「困惑の目次」を作成できるぐらいです。自社物流の設計や目論見作成に実務対応している教科書や便利な作成ソフトはありません。我々のような専門家の補助を受けつつ、ご担当者自らが汗をかくことでしか目的達成できないとお考え下さい。
コンサルに丸投げしたくなる心情は理解できますが、運用開始後に大きなツケを支払うことになりがちです。
「答えを仕入れる」ことはお避け下さい。
本部の意図、つまりは経営層の本意は「自社で運営するのであれば、まずは自前の業務企画や計画作成力を養うべき」ということであり、それは必ずしも整った正解の提出ではないと思います。沢山は難しいですが、煮詰まったらロジ・ターミナルで小さなカンニングをしてもいいのではないでしょうか？いつでも歓迎です。

基本的には全社が内製可能ですし、その中でもネット通販は最も取組みやすい業態です。しかし、ブログ記事にもあるとおり、能力があるから即実行とはなりません。創業から10年前後のEC専業会社の場合、仕入れと販売企画以外は外注でまかない、会社のエネルギーを集中させたいというマインドが顕著です。
品質とコストの比較考察は、この欄では無理がありますが、かなりの確率で安くて良くなるはずです。ただし、自社運用ですので今までになかった施設・人員管理などの追加業務も発生します。その点まで含めてご検討されるべきです。
念のために委託先にあった問題のいくつかは、根本原因が自社内にある可能性も精査しておいたほうが無難です。内製後の実害発生を予防する効果が見込めます。
コスト比較のサンプルについては「サービス」ページをご参照ください。

現行システムの詳細が不明なので的確な判断が難しいのですが、弊社の意見は「システムの刷新」です。
一気通貫を前提として、低コストでカスタマイズできる既成の管理システムがいくつもあります。
貴社の現状を改善するために、選考の際に最も重点を置くべき入荷関連の機能は「入荷予定と入荷検収の連動とフリーロケーション対応の棚振り指示」が可能であるということです。そしてロジックの簡潔さも同様に重要です。単純で表示情報の少ないシンプルな画面構成と少ない操作回数を良しとしてください。
何社かに提案と見積を依頼すれば、ご期待にそえるような内容の答えが返ってくると思います。
蛇足かもしれませんが、弊社でも「最適なシステム選定」のサポートを承れますので、ご一考ください。
（システム会社や製品については貴社の希望先で支障ありません）

手前味噌で強縮ですが、まずは下記記事をお読みください。（既読ならとばしてください）

物流よもやま話｜並列と直列
物流よもやま話｜EC物流とそうじゃない業態の事情
物流よもやま話｜EC物流という奇妙な言葉

杞憂だとは思いますが、在庫管理と業務ラインを二系統にするという選択肢は絶対にお避け下さい。
倉庫内の全業務を「直列」で行うことがベストです。業務フローについては全く支障なく組めます。
むしろ受注管理とその出荷指示データを二系統にするのか否か？のほうが大きな問題です。
弊社なら「フォーム統一が最適です」という提案ですが、お使いになるソフトや本社の財務・営業・仕入・請求などのデータ連携がどうなっているのかが不明なので、このQ&Aでは具体的な回答ができません。
（そこまでの解析と設計は個別対応となります）
貴社の商品を1本や2本という単位でご購入されるお客様が増え、その注文には個配便で届けるという業務が増えただけと割りきられてはいかがでしょうか。

このQ&A内での具体的な会社名や製品名の順位付けや評判の掲示はできませんが、貴社の取扱品や入出荷量、在庫管理上の必要事項を踏まえれば、2社のWMSに絞られると考えます。
逆に選択肢から外すべきものもありますのでご注意ください。
各社の事例紹介や顧客インタビューからも、導入についての適・不適のヒントぐらいは探れるかと思いますが、くれぐれも鵜呑み・妄信にはご注意ください。
在庫数だけでなく、入出荷のボリュームも適合するWMSを決定する大きな要素です。
「在庫管理」のみにとらわれず、業務全体を俯瞰した上でのご決定をおすすめいたします。
貴社物流業務の分析に基づいた、WMSの具体的な選定作業は個別対応となります。

物流関連の諸システムについては、ブログやQ&A内でも何度か取り上げていますが、社内・外部を問わず、物流関連の経験があるSEは必要ありません。
物流業務のフロー設計と、その節目ごとにエラーチェックやキーになるコードの連動性が保持できる仕組をチャート化できれば、それを記述するプログラマーだけで足ります。自らも設計能力と実績のあるSEならより好適です。いずれの場合も、過去の物流関連システムの制作経験は必須条件ではないというご理解で支障ありません。
物流部門に現場業務の設計力があれば、SEの物流経験の有無を問う必要がない。これが正解と考えます。

ご要望の内容で対応可能です。
自社物流の場合、業務フローやWMS設計は社内で作成するか否かは別として、作業着手前に「外部」のチェックや評価を受けるべきと考えます。
スポットの業務対応以外にも弊社のサービスをご検討ください。

このご質問ですが、システム会社以前の問題ではないかと考えますので、順にご説明します。

①　システム開発前の「業務フロー再設計」が必須
②　WMSの誤入荷・誤計上・誤ピック・誤梱包防止の各アラームは、①のルールがないと機能しない
③　WMSにアラーム機能がなくても、業務ミスは防止できる
④　③の前提努力なくしてWMSを改変しても、業務品質改善の奏効を得られない
⑤　業務ミス防止の基本は入荷段階にあり、業務品質は入荷処理で大きく向上する

となります。
お話の他社はWMSだけを変更したのではなく、業務フローを再考して、それに対応するシステムを導入したと推察いたします。
貴社が着手するべきは「業務フローの再考」であると思います。
基本に忠実で簡素平凡ながら堅実な業務フローが設計できれば、WMS自体は出来合いの廉価タイプで充分に用が足りるはずです。

以前に比べれば専用用紙やシステム導入費用は安くなったと思います。
ご承知のとおり、最大のメリットは「キッティングミス」の防止効果と同データの一括一面印字です。カスタマイズによってピッキングリストや納品書などの加工も可能です。
導入事例はたくさんありますが、出荷件数が膨大な企業が目立ちます。
作業現場での悪評はほとんどないと思いますが、事務手間の省力化にはあまり効果がありません。
切離し作業は作業ごとの現場ではなく事務で行うことが正解なので、結局はプリントアウトして名寄せするかミシン目を切離すのかの違いでしかありません。
現状にキットミスがなく人員的無理もないなら、コストアップだけが目立つと思います。
WEBでの閲覧やダウンロード可能なデータ提供を代替として、納品書を省略するECショップが増えています。事務書類の削減は主流化していますので、伝票の書式や利便を競うことも下火になりそうです。

１ロケ１SKUの徹底は「手堅いミス防止法」としてひと昔前の庫内業務でよく見られました。
気の利いた安価なシステムとデジタル端末の普及により、複数SKUの同ロケ内管理はあたりまえのように運用されています。代表的なサンプルはアマゾンのFCです。
かたやで、固定ロケであったり定番率が高いと、ロケーションのメンテナンスを頻繁に行わない倉庫会社があることも事実ですので、現場業務やWMSや事務書類を検分しないと理由が特定できません。
あくまで私見ですが、「やらない」のではなく「できない」のでは？と感じます。

RFID（ICタグ）については「物流よもやま話」2018年８月10日に掲載予定ですので、その記事もご参照ください。
システム面での加工やマスター変更は必須となります。
利点ばかりが取り沙汰されていますが、導入時と運用には注意点も幾つかあります。
事前の精密な調査と業務フローの確認が必要です。コストについても同様とお考え下さい。

このご質問内容は初めて聞きました。ご使用のシステムと同種の製品がさまざまな企業でカスタマイズ運用されていることは存じておりましたが、入荷予定変更にリアルタイムで情報処理が反映されないとは想像すらしておりませんでした。恐らくは海外の企業が開発したサービスを、代理店契約している国内のシステム会社が加工して販売したものではないかと思います。
ロジックの詳細が不明ですので、あくまで推測ですが、売越し処理と入荷情報のマッチングの時間差を変更し、WMSへの最終反映を当日にすることでエラー回避できそうです。

入荷検収・在庫計上の業務設計が合理的で、棚卸時の在庫差異が許容範囲内であれば、最終のチェックポイントは梱包時でも問題ないと思います。
入荷→ロケふり→品番と数量を確認するピッキング規則→シングルピック、トータルピックの別による作業フローの区分け→梱包場の動線設計の業務適合。この検証が徹底されたうえで、梱包時一発勝負ならば悪くないと思います。
ピック時のエラー検出は、出荷業務の上流でミスを潰すという意思の表れであり、その優劣は一概に判定できません。業務量によって作業ストレスのかかる位置や時間帯は違いますし、業務フロー設計と人員配置は企業独自の意思表示でもあります。
物流会社などではトリプルチェックなどを宣伝していますが、見方によっては「作業者のルール無視やミスが多いので、システム依存して何度もチェックしなければならないのです」という解釈もできます。
WMS以前の業務ルールを研ぎ澄ますことこそが肝要と思います。

データの形式ですが、取引開始時からそうだったのか、途中から貴社が変更されたのかが不明です。
弊社の認識としては貴社のデータ形式は「特殊の部類」となり、委託先の説明と要望は一般的に理解を得られる内容と判断いたします。倉庫との遣り取りには簡易で簡素な形式のデータ吐出しを可能にしておくべきです。低コストで安定した業務を維持する条件として不可欠です。

「物流に特化したシステム会社」で中小企業の要望に細かく柔軟に応えてくれ、低予算で制作を請けてくれる。
という会社は皆無です。大手物流の専属SEでも「現場を本当に解っている人材」は極めて稀です。システムの専門家になりたい人材はそのほとんどが物流分野に興味を示さないので、慢性的に人員数も業務品質も足りません。
まれに中小の物流会社に在籍しているケースがありますが、総じてヒアリング力に欠けるので、依頼主の要望を満たすには遠く及ばない内容、、、過大か過少か冗長か複雑か粗雑か陳腐になる、といった制作になりがちです。
そしてそれ以前に、何よりも物流会社との契約が優先されます。見積り段階では判明しなかった会話力や顧客理解力の不足が契約後の実務場面で判明することも少なくありません。
ヒアリング・趣旨理解・設計・制作・運用管理、を過不足なくできるSEは、残念ながら物流業界に携わることがまれであるという現実があります。
弊社でも業務フロー作成とそれに応じた書式の企画設計まではしますが、実際のプログラミングはフリーランスか専門会社に依頼します。
（発注者側の制作意図説明と具体的な設計があれば、システム制作者の物流関与経験はゼロで支障ありません）

ご記入いただいた現在お使いのソフトは、確かに現行の他社製品からすると物足りないかもしれません。ご検討中の3ソフトならいずれもご要望に沿うスペックとコストだと思います。全種に共通して注意すべきは「拡張性」に重きを置いていないという点です。一定ラインでの機能の割切りと見切りが、低価格で簡易な操作性を実現しています。画面操作の手順などは使用者の好みで選んで問題ありません。
シェア的には質問文の①ですし、あくまで個人的意見ですが、回答者も①が最も使いやすいと感じています。

見積提出相手に、この質問と同じ内容をぶつけてみてはいかがでしょうか。
いわゆるWMS（倉庫内業務を制御するシステム）へのデータ提供は、そのほとんどがCSVやエクセルのようなシンプルでフラットなファイル形式のはずです。2社のシステム実物を未確認なので、一般的なパターンを回答しております。貴社にとっては初めてのことなので、戸惑いや不安を抱かれるのは理解できます。しかし、もう一歩踏み込んで確認し、内容が理解できれば「そんなに難しいことではなかった」と安堵されるはずです。
膨大な数の企業が同じようなデータ送付業務を日々こなしています。
貴社にも必ずできるはずです。（くどいようですが、たいしてむずかしくありません）

既にある11項目は確認必須ですし、重要事項説明にも必ず記載されます。
加えて、以下の項目も一応ご確認になるほうが無難です。

・土壌検査。（従前の使用内容にかかわらず、重要事項として必須と考えます）
・建蔽率・容積率に対する現状。（増築の不可判断）
・近接建物とその使用者への第三者ヒアリング。（自社社員でも可）
・近隣住民とのトラブル有無。
・前面道路の違法駐車状況。（特に夜間から早朝）

なども購入前の確認必須要件としてください。

マルチテナント型の大規模倉庫がベストジャッジです。
貴社業務に必要以上の天井高が無駄かもしれませんが、各種設備や庫内環境、バースやヤードなど、倉庫建屋としての評点が高いことは魅力です。なによりも、取扱品目・物量の増加や変更があっても同一建物内で調整可能なだけでなく、コストも現状維持か低下が見込めますので、経営的にも見通しがききます。
貴社所在地から半径20㎞圏内には、入居企業募集中の築浅の大型倉庫が数多くありますし、着工予定も目白押しといえる状況です。

実務については、入荷時に脚の速い品物とそうでない品物を判別し、トリアージ的仕分けを徹底すべきです。そうすれば入荷から保管までの処理順位・動線分類が決定できますので、庫内の業務区画も明確になります。
また保管ルールですが、過去データ分析によって「入荷から出荷までの所要期間を類推したパターン」を作成し、低頻度出荷物エリアの保管ロケーションを切り分ければ、最低限度の効率化は叶うと思います。入荷動線に接続できれば、素晴らしい業務フローが作成できそうな予感がします。
「全品ユニーク」は決してデメリットではありません。
現状の1ロケ1SKU運用の理由が「受注引当のエラー防止のために」ならば、それは大きな改善含み益を抱えていると申し上げます。劇的な効率化と保管面積の圧縮が期待できるからです。
具体的なディベロッパー名とその物件の推薦や評価ついては、本Q&Aの回答範囲ではありません。
個別相談にご変更ください。

物件数でいえば、圧倒的に港湾エリアが多く、実質賃料も下がっております。
低単価・長期のフリーレント設定・保証金の減額などの優遇条件が、一定の与信力を持つ企業に提示されています。
液状化や高潮のリスクを危惧される心情は理解できますが、現倉庫のように内陸部に在っても地震や豪雨のリスクからは逃れられません。なので天災に対するリスク管理という点では優劣の明確な説明ができないと考えます。
貴社業務から考えると、大型のコンテナーなどの着荷・出荷もなく、必要面積も1000坪未満ということですので、内陸部の新しい物件が好適と思います。北摂エリアだけでなく、京都・滋賀・兵庫東部なども視野に入れれば、好条件の物件が出てくるはずです。

全国の倉庫で浸水被害が多発しています。河川沿いや低地にある倉庫では、ひざ下かそれ以上の浸水で、在庫や機材に甚大な被害が出ています。
貴社倉庫の立地によっては、建屋周囲の排水溝などの見直しと増設も床面の施工に加えてご検討ください。
簡易措置ですが、プラスティック製のパレットを棚下やサポート・ネステナー・作業台下に敷くケースが多いと思います。リフトがあれば即手当てできますし、コストも大してかかりません。ただし、10㎝程度の底上げですので、あくまで簡易的な応急措置とお考え下さい。棚配置にもよりますが、作業動線の妨げになったり、保管面積が拡がる可能性がある点もご承知おきください。
また、これも保管効率の犠牲と引き換えとはなりますが、棚管理部分の浸水対策として、最下段をすべて空にしておくという事例もあります。
可動棚なら、最下部の高さを調整できますので、倉庫立地や地域のハザードマップから想定される浸水リスクを考慮しての運用が可能です。

ショッピングセンターやスーパーの建屋を倉庫として使用するケースが目立つようになりました。車付けが良く、駐車場がヤード代わりに使えることから、業種や取扱品によっては好適な物件となるようです。
2層ということなので、チェックするべき点を並べてみます。

①　天井高
②　床荷重
③　荷役用のエレベーターやその他昇降機の容量
④　荷受場の間口
⑤　荷受場上部の庇の大きさ
⑥　動力関連
⑦　生鮮加工場とその天井裏・排水経路のリフォームと消毒
⑧　床材の現状

などが要確認事項です。

倉庫内からの音漏れ、車両出入りの頻度、夜間操業時の規制不足（時間や照明や音）以外にも、トラブルになる原因はあります。
もし隣接建物のベランダが倉庫側に向いている場合、プライバシー保持のために通気性の確保された遮蔽措置を講じることや危険物取扱の有無確認、産業廃棄物の種類と処分方法などが提出要求される可能性があります。遮蔽措置については現状無いのであれば、貴社使用後も問題なさそうですが、必要になった場合は貸主負担で設置する旨を条件に加えるべきです。
隣地境界壁が低い場合によくあるのですが、子供の倉庫敷地内侵入やゴミなどの不法投棄、ベランダからのタバコやゴミなどの投棄。
マンション来訪者による敷地近隣路面での駐車による大型車両の通行障害など、様々な事例があります。
可能性が危惧されるなら、候補から外すべきです。

定番率の低い商材には、ソーターは不向きです。何よりもプログラムの改変作業を行う必要があり、頻度と工数によりますが、内製化できなければ外注費用がかさんでコスト的に受容不可になりがちです。
自動梱包機も同様で、微細な調整や変更には対応が難しく、修理や保守にコストがかかります。
商材や梱包資材の改廃頻度が高い企業には、ソーターも自動梱包機も不向きです。
梱包機についてはアマゾンの現状をお考えいただければ解りやすいかと思います。
無用の長物となって、不動の高額設備が庫内に横たわっている現場は少なくありません。

低温部分の設備費が高額なことと、昨今の建築費高騰が重なって、総額を膨らましているのだと思います。
また、建替えの場合、既存不適格状態であれば、すべて修正されるため、建蔽率・容積率・接道開口部の縮小・北側斜線規制、等々の適格条件を満たすためには、ご質問にあるとおりの「値段が高くて、面積が小さくなって、出入りが不便になる」ような事態が発生します。
難しい問題ですが、当面は低温保管物だけ外部委託、は無理があるのでしょうか？
恐らく業務フロー的には販売先への納品は常温物と別口で行われているはずですし、貴社内部の事務処理だけの問題で済みそうです。常温物のみ賃貸倉庫で自社運用し、可能な限り現状の人員維持を確保する。拠点が分散する弊害はありますが、そもそも現在が2系統の業務フロー並立状態と推察しますので、歩留まり悪化は最小限に抑えられそうです。当面はその状態に甘んじて、今後急増する流通業向け賃貸倉庫物件（1階に冷蔵・冷凍倉庫付きが多い）の余剰状態まで不本意ながら待つ。
というのが一案として浮かびました。

国内の全エリアを問わず、都心部のオフィスビルは完全にオーバーフロアしておりますので、目抜き通りを外せば、賃料条件は下降の一途です。オリンピックの高揚感に関係なく、相場の下落基調は続くはずです。特に関西と中部エリアではその幅とスピードが顕著になると予測しております。
貴社がご検討されている物件ですが、経済条件としては非常に有利であると思います。しかし物流業務を併設されるのであれば、1階の使い方とエレベーターの本数と容量が懸念材料です。
事業拡大で入出荷の頻度が上がれば、人員用エレベーターでは荷役業務が厳しいのでは？と危惧します。また荷受・出荷場として1階が使える開口となっているのかも大きなポイントです。

大阪の会社が中部や中国、東海や関東に倉庫を置くことは、さほど珍しいことではなく、大きな支障もないからこそ現状があると考えます。すでにお考えかもしれませんが、現在の倉庫との遣り取りで、「双方の距離」が最優先される項目はどれほどあるのかが要点です。
貴社が倉庫現場に行かなければならない例はいくつあって、頻度はどれほどなのか？
倉庫会社が1時間以内に到着できる距離にあることの重要性は何なのか？
動画や各種通信方法で、距離を問わないコミュニケーションが確保できないのか？
などの考察はどの程度進んでいるのでしょうか。
新規予定の倉庫会社に危惧される項目を提示して、その解決方法を共有することで取引は可能だと思います。

「倉庫」という括りでの公的データ的な空調普及率は不明です。一般的には賃貸倉庫物件や営業倉庫では事務所部分以外にはほとんど設置されていません。
庫内に検品や加工作業用の個室を造作した場合、小型のエアコンと手元用の照明を別誂えはよくありますが、保管・ピッキングの現場にまで空調設置しているのは、一定規模以上の企業の自社倉庫ぐらいです。（追記ですが、設置されている各階の天井高が低いという共通点があります）
稀に賃貸倉庫や倉庫会社の建屋で空調付きがありますが、元来は別企業の自社倉庫として建築されたものが売買や賃貸によって他社利用となっているケースが最多です。ちなみに、あくまで弊社の感覚ですが、貴社規模の経営母体が運営する自社倉庫では、単層と複層の違いや天井高にもよりますが、空調設置率が少なくても3割程度はあると思います。近年の夏季気候は、現場作業者にとって非常に過酷です。コストを受容できるのであれば、導入していただきたいと願います。従業員には大きな福利厚生であり、恵まれた労働環境の提供となります。

別送いただいた候補物件の概要、在庫量と回転数、入出荷概数から想定される業務フローを踏まえて回答いたします。
（本回答欄では原則として質問者の実数値は不開示としています）

②の坪単価や建屋の外観・造作を勘案しても、圧倒的に①が好適と考えます。
貴社商材の最低限必要な管理環境、入出荷頻度・荷姿・40Ｆコンテナー着荷時の必要なヤード面積、道路付けなどが優先すべき条件です。
単層で900坪、天井高もネステナーやサポートが最低でも3段積め、単独使用できる小規模倉庫は希少です。

①の場合、現状の入出荷量と在庫アベレージなら、おおよそ600～650坪で収まりそうですし、荷役の効率は飛躍的に上がるはずです。
リフトが縦横に稼働できるため、ピッキング時間と必要人員数の大幅な削減も確実です。
ヤードから庫内に段差がなく、各種リフトが動きやすい環境は貴社の物流形態には最適といえます。

ヤード面積ですが、①は庇も大きく40Fがゆっくり2本捌けますので、通常業務に支障はないと考えます。
入口からすべてが見渡せ、1人の管理者が一筆書きのように庫内巡回できる利点のありがたさを移転後の業務開始から実感できると思います。

倉庫移転は物流会社の腕の見せ所です。物量や保管面積は確認条件の一つですが、「最重要」ではありません。
受入側の荷捌きから業務開始までの段取りは、出荷元である現倉庫での準備と荷造仕様で大きく変わってきます。
「移転の所要期間＝停止から再開までの時間」という意味なので、移転終了＝通常業務開始です。
ほぼ例外なく、受入側は猶予期間を最大限求めてきます。
倉庫業者にとって新規の受入から業務開始までの作業は最も注意が必要で、そこで躓くと数か月以上の業務トラブルや当初計画の未達に悩まされるだけでなく、苦労して新規獲得した荷主企業の期待と信頼を裏切ることになります。
車両・人員の増減に所用時間は比例しますので、どれだけの時間をお金で買うかは重要なポイントです。現在の物量とSKU数を考慮すると、1週間を求める倉庫会社の申出は理解できますし、業務停止を最短化したいという経営要求も当然です。

このご質問の回答としては、停止期間よりも「移転運送中の10ｔ車の中でもピッキングできるぐらいの前捌き」に眼を向けてください、となります。
現倉庫と新倉庫が「出し」「受け」の段取りをすり合わせることで、時間と作業のリスクは最小化します。
弊社見解ですが、「金曜夕から荷造り開始と宵積み。土日に順次移動、日曜午後から月曜夜までにロケ整備とWMSテスト、火曜に実サンプルを用いた作業手順で最終テスト、水曜日は予備日」でいける、と思います。

築後36年ぐらいの倉庫なら多数ありますし、それらすべてが荷役用のエレベーターを交換しているなどは聞いたことがありません。確かにメーカーのメンテナンスは打切られ、部品供給も義務ではなくなります。従って純正部品によるメーカー・メンテナンスは規定年次でなくなります。が、数多くあるメンテナンス会社は少々古い型番の設備でも、代替部品を調達し、定期メンテナンスを施して、日々の業務に支障が出ないようにしています。機械なので、同じ型式でも寿命の長短に個体差があることは否めませんが、再度メンテナンス会社とお話になるべきです。新品に交換すれば、即解決すると心得てはいますが、安全に支障のない範囲での「モノの始末」は基本です。
他の会社の意見や提案も聞いてみればいかがでしょうか。

所在地の現状賃借単価についてですが、貴社の場合かなり割高であると思います。
返信差し上げたとおり、その建屋自体が特殊な設備や貴社業務にに不可欠な要件を持ち合わせていないなら、弊社試算で年間約950万程度の余剰コストが算出できます。1割では収まらない額です。
ご質問の物件2件ともに保証金はもう少し下がりそうですが、単価としては妥当であると思います。現情報の中から即決するのではなく、今秋あたりまでじっくり検索されるべきです。
大規模な新築物件の乱立に近い過剰供給によって、既存倉庫建屋の賃料相場はもはや上がりません。
条件は有利になる一方と考えます。

本件については、たくさんのご質問をいただいており、遅くても年内にブログ記事か特集ページを設けてご説明したいと思っております。本欄の限られたスペースでは、説明することが難しい旨、ご理解ください。
端的な答えとして、「個配サービスは二極化する」と考えております。
ご承知のとおり、アマゾンやロハコの「留守宅でも置いてしまう」サービスや自宅以外での受け取りは再配達率の低減に不可避の施策となります。同時にコスト抑制効果も得られるはずです。
既存の日時指定・再配達などのサービスは全てコスト反映され、代引き・着払いなどは形を変えつつ廃れてゆく一途となる。生活基盤としてのWEBをはじめとするネットワークが進化するにつれ、「事前」や「即時」といった言葉の付く情報伝達と付随サービスの充実が見込まれると予測しています。
3社寡占の問題は利用企業にとって不安要素となりますが、今後も増加する個配総量を物流インフラの重要要素ととらえれば、3社の個別事情を超えた協業部分が不可欠となるはずです。その際に、中小の運送業者が加わるサービス体系が必ず出来上がるはずですので、デファクト化した基幹サービスとして一般企業はその利用が可能となります。
詳細は後日の記事で記します。

加筆：物流よもやま話｜個配サービスの “ たとえばきっと ”　を併せてご参照ください。

ヤマト運輸や佐川急便、JPなどのWEBサイト、コンビニ各社（セブンイレブンは除く）の「宅配荷物の受取サービス」をご覧いただければ、漠然とした推測はできます。
個配大手全社が不在による再配達削減のため、宅配ロッカーやコンビニ・個配会社の営業所受取を推奨しております。
その中でも特に、営業時間が長く店舗数の多いコンビニでの荷物受取は、個配会社と購入者双方にメリットがあるため最も推進強化しています。ただし、コンビニでの店頭受取の荷物は100サイズ・10㎏までという制限があります。保管スペースの問題が大きいのでは？と推測しております。
加えて、幣サイトでもしばしば記述していますが、運送会社的には「60～100サイズまでの小型軽量の荷物を満載して運ぶことが最も利益率が高い」ので、100サイズ以下の料金は比較的抑え気味な値上幅にとどまる傾向があります。
幾つかの理由が相乗して現状があるのだと考えますが、大手3社が今後の料金体系やサービスの拡充・縮小について正式なコメントを出しているわけでもありません。従って、あくまで最近の「現象」でしかないとご認識ください。

具体的に進んでおり、試験的運用されているのが３つ。サービスをリリースし、直後に運用中止したものが二つ。その他、弊社の把握しているだけでも、数社合同の運送ネットワークの設立構想が二つ。（2018年5月現在）
皆様もご周知のとおり、流通系が中心となってサービス構築中です。
そのネットワークに既存の個配3社が資本参加したりなど、群雄割拠というよりは混沌としている状態です。
対アマゾンという構図が最もわかりやすく、かつ切実な理由といえます。
事業会社向けのサービス販売、つまり大手3社以外の選択肢となる可能性ですが、現状ではそこまでの積極的なスキーム設計になっていないと判断しております。
趣意としては自前機能にとどまらない一般向けサービス化に含みを持たせていますが、現実にはアマゾンやイオン、セブン＆アイなどを筆頭とする大手の配送網強化策です。
提携・協力・合同・相乗・新案などの前向きな言葉尽くしですが、どの組み合わせでどう落ち着くのかは不明です。
まだまだ流動的な部分大なのではないか？と考えております。

内製・委託の別を問わず、情報の遣り取りがしっかりできていれば、拠点間の距離は問題になりません。
荷役・保管料金については、同じ業務品質・同じ建屋と仮定すれば、南関東エリアよりも北陸エリアのほうが廉価になるのは当然と言えます。
そのうえで、仕事の中身を「同等」と信じるなら、コストダウンに違和感はありません。
このご質問で最も懸念されるのは、遠隔地に物流機能を移転させることよりも個配料金の差額理由です。
現在の荷主登録状況と委託先のマージン額（開示困難）で現実味のある話か否かが判断できるのですが、移転決定後の業務開始準備中に「配送料の見積変更」が申入れられる可能性もあり得ます。運送会社に荷主情報が届いた段階で、
「物流会社の基本タリフではなく荷主個別のタリフ優先」
が再設定されるパターンです。重ねての確認が必要と思います。

急増している事例です。
弊社が把握しているだけでも数社ありますので、その実数はかなり多いと思います。大型品の配送に限らず、個配大手3社への依存を弱める動きは、企業経営の通常感覚として浸透していますので、自然な流れです。
全国に独自の配送パートナーを持つ企業もあれば、それをセットアップするサービスも提供されています。今後も増加の一途と思われますので、根気強くじっくり検討ください。一般的なWEB検索でも、数社のサービスがヒットしますので、返信のURLをご参照になり、キーワードを動かしつつ検索してください。

個配各社の所見や顧客からの情報を弊社なりの意見としてまとめると、「個配便については大型・重量品は高値維持か再値上。路線便は値上」です。貴社の商材を考えると、あまり明るい材料が出てきません。
管材や電材、住宅設備などの販売会社も昨今の事情は承知しており、同時に当事者でもあるわけですから、根気強く営業体から運賃負担の訴求を続けるしかないと思います。拒否や拒絶の連続は想像できますが、ある程度の覚悟は先方の社内でもしつつあるはずです。近接業界の話ですが、送料負担交渉の奏功も数社から聞いております。

他社でもそのパターンが多いのではないでしょうか。
荷姿や重量、過去の事故率、再配率によってサイズ別の料金設定が異なるはずですので、一概に全社が全エリアで横並びとは言い切れませんが、購入者の同意が得られるなら、分割梱包による複数口数配送となって当然です。アパレルなどでも冬季の重衣料とその他を2個口にして送る会社が多いようです。
違和感という点では、まったくそのとおりです。

ご要望に合う会社ですが、いくつかありますので返信しておきました。単価を含む諸条件は個別に交渉願います。
弊社ブログの掲載記事で「越境の地では」もご参照いただければ幸いなのですが、関西・中部・関東の各ブロックでは、中国系企業による格安なエアカーゴを利用した国際配送ルートサービスが増加しています。
国内業者も参入しており、EMSと欧米系の寡占だった市場に変化がおきています。何よりも所要日数とコストが同時に減るので、導入しない理由がないのです。
さらにはインヴォイスなどの事務書類もデータ処理後にバーコード紐付・貼付で通関可能など、JPのEMSに比してはるかに合理的です。弊社で把握していない新規参入企業（中国・シンガポール資本が多い）も少なからずありそうですので、調査されてはいかがでしょうか。
積極的に宣伝や広報していない事業者が多いので、WEBで当該サービスの直接検索だけでなく、外資系航空会社の貨物部門や海外マートの配送サービス欄などを調べてみると社名が出てくることもあります。

全国のエリアを問わず、そして大手3社に共通して、大型品の送料は1年ほど前から飛躍的に上がりました。200サイズ以上は集荷不可や重量超過の厳密化、資材の強度不足や梱包不良による荷物破損回数、不在による再配達頻度、受取拒否、配送先の着払拒否、などのカウントが本部データで集約され、荷主登録企業の評価に反映されます。つまりは配送料金の設定根拠となるのです。
ご質問者様のような「大きいが軽い」荷物は、配達担当者には比較的扱いやすいかもしれませんが、1車あたりの積込効率を考えると、積荷総額で歩留まりが悪くなるはずです。したがって割高な単価設定となる、という論法です。
弊社でも大手3社以外のルートを検索中です。複数企業の混載・共配連携で、中継ありきの柔軟な配送ルートを組めないものか？そんな情報を発信するとともに、反響や返信を収集中です。

現在弊社でも情報収集中ですが、佐川急便については大型商品の高単価引受けによる積極営業を進めていると聞いております。実際に大型品を取扱っている企業数社からのヒアリングなので確かだと思います。ただし、ワンマン配送が大原則とのことです。つまりは一人で運べない荷物は引受ないということです。

大手3社の引き受け条件見直しのかたわらで、軽貨物便や中堅運送会社の個配業務参入の動きもあるようです。大手が消極的な大型商材の個配は、中堅・中小零細にとっては参入しやすいゾーンでもあります。今後の新規参入に大いに期待が持てるはずです。

結論から言えば、「可能性はほぼありません」となります。
個配大手3社は物流会社ではなく荷主企業名をデータ登録しています。直接の依頼主や請求先が営業倉庫であるとしても、彼らの説明はこうです。
「自社発行の荷主コードに一度企業名が登録されれば、その企業の履歴はコードに紐づいて記録され続けます。その企業なりの配送料金が設定され、出荷件数やサイズや破損率、クレーム件数などを定期的に本部がチェックして、適宜契約運賃を見直すのです。介在する物流会社には荷主登録コードを貸与して業務の一部を代行してもらっているだけなので、彼らが荷主企業に請求する額については全く関知も酌量もできません」
ということです。
まずは貴社の基本となるタリフを知るところから始められた方がよいかもしれません。
猜疑の元は「本当の値段がわからない」にあると思います。

まずは結論から。
補償額の常態化が苦しいことと、恐らくはクレーム続きで値上げできなかったので、それを吸収・解消するためのタリフ変更です。他社実例も数多くあります。
「ミスの補償を値上げで取り戻すのか？」
という憤慨は当然だと思いますが、運送会社が値上げの因果を添えない限りは、単純な条件変更となります。
気になるのは「なぜそれほど破損事故が出るのか？」です。
商品実物を確認し、梱包作業を拝見すれば、ある程度は原因が判明すると思うのですが、ご質問の内容だけでは具体的な判断ができません。
商品と梱包状態の評価と契約している運送会社の適性。
このあたりが掘り下げるポイントと考えます。

物流会社のキャッチコピーを読み比べて迷う必要はありません。
まずは貴社の物流業務の概要と現状を問い合わせフォームなどで送り、その返信の内容をご確認ください。
電話での挨拶の後、もしくは挨拶メールに添付されて、ヒアリングシートが返信されることがほとんどですので、わかる範囲で記入して返してください。
記入内容についての追加質問や数値の要求に関する説明が丁寧で的確とお感じになる物流会社こそが貴社の委託先候補となる相手です。
「EC物流」という言葉は、読み手が理解しやすい表記として広く流布していますが、実務面では全く特殊でもノウハウ的技術が必要な仕事ではありません。
物流業務のなかでは最も簡易でトラブルの少ない業態が「EC」なのです。
広告の字面や数値に惑わされないようにご留意ください。
貴社の現状を尊重しつつ、貴社が感じる今現在の不備や不満、早急もしくは計画的に加えたい物流関連の追加機能や顧客サービスを実現するための提案や話し合いができる相手こそが「めぐりあうべき倉庫会社」であると思います。
蛇足かもしれませんが、物量や波動に対応できる強靭な自社物流を再設計・再構築するというのも一つの選択肢だと言い添えさせていただきます。

追記：物流よもやま話「EC物流という奇妙な言葉」もご参照ください

セミナーの講師が力説した内容に間違いはありませんが、「絶対にダメ」は極論すぎます。
この話の本質的要素は「時間」です。
どのタイミングで作業するのが最も適しているか。または余裕をもって取り組めるか。
想定外の出来事やトラブルが出荷検品時に発生した時、引当済み当日出荷分への直撃を回避できるか否か。
そのようなリスク分析・管理と対応業務フローが数多くの物流現場で運用されているからとお考え下さい。
一番川上の「入荷」で棚振り前に始末してしまう。そうすればピッキングや梱包の段階ではロケ番・品番・数量のみの確認だけで作業が流れてゆく。それが最もストレスや属人性の少ない業務フローとして認知されているからなのです。
貴社の現状が「そうではないが、毎日がつつがなく終わる」のならば何ら支障はありません。
ただし、多数の企業が採用している方法論を分析して試行される価値は十分にあると思います。

回答は「正」です。
シンガポールやマレーシアをハブとするECマート付随の物流施設やネットワークは、急速に拡がりつつあります。
この流れがタイ、インドに波及するのは時間の問題で、特にインドは世界屈指のIT技術者輩出国です。次の波動到来の予感がします。（関連記事：物流よもやま話｜越境の地では）
中国資本の積極的な進出と、それに追随するように多数の国内企業が多岐にわたる提携や拠点設置を進めています。

高額品が大部分を占めしかも特殊梱包が必要。となれば、委託できる運送会社は国内に数社しかありません。
実務でお付き合いのある「運送会社」として認識されているその企業こそが、東南アジアでの中継やDC機能の提案者として一番ふさわしいのではないかと考えます。是非ご相談なさるべきです。
取扱品がアパレルや雑貨品などであれば異なる回答を用意したのですが、貴社の商材と品質保証の観点からは本内容が妥当と思います。

委託から内製への切り替えは、ホテル暮らしから一般住宅への引っ越しと同じとお考え下さい。
ホテルでは当り前であったモノを、すべて自分でそろえなければなりません。移転先の種別（建屋単独使用か複数テナント型DCか）によって、搬入の段取りは変わりますし、備付設備も様々です。
ミスやトラブルの羅列よりも、まずは信頼できるコンサルタントなどに相談すべきだと思います。弊社である必要はありません。
一定以上の実績のあるコンサルタントなら移転時の要所は心得ています。新拠点でのつつがない業務開始と平常巡行を得るためのコストとご認識ください。
移転時よりも移転後に重きを置くという観点でお考えになるべきです。

各作業に取り掛かる前の仕分けや切替え手配はどうなっているのでしょうか？
実作業自体の効率化には限界があり、一定の成果が出た段階で同一方法の改善上限に至ります。入荷・ピッキング・梱包すべてに当てはまる事象とお考え下さい。
秒単位の努力が作業間の数分の手待ちによって、一日分吹っ飛んでしまうことがよくあります。
資材の補充待ちやピッキング物の順番待ちで梱包場が渋滞している、などがよくある事例です。管理者や現場担当社員の仕事は、その手待ちを減らすことに尽きます。
3分の手待ちを取り返すための作業短縮する努力と手数を比較すれば、警戒すべき点の優先順位は明らかです。
貴社に限ったことではなく、物流現場の共通課題とお考え下さい。

「EC物流」という言葉自体にこだわる必要はないと思います。
弊社ブログ記事に掲載のとおり、EC専業会社の物流業務フローは直線的で単純なものが多く、普及率の高い受注管理ソフトを使用し、出荷データを汎用性の高い形式で遣り取りできる倉庫会社であれば問題なく業務が行えます。
ご質問にある「EC物流に特化した倉庫会社」とはEC事業者の顧客比率が高い、もしくはそういう企業を新規募集の上位に掲げている、という意味です。
倉庫での業務品質の根拠にはならないので、相手先とのコミュニケーションに重点を置いてください。
ただし、現状のEC業界や受注・在庫管理の既成ソフト・WMS、宅配各社の送り状や後払いサービスなどのデータ取り込み処理に暗い会社は候補から除外されるべきかと思います。

【参照追記】物流よもやま話｜EC物流という奇妙な言葉

一般的かどうか？というご質問への回答は「レアケースです」となります。
その倉庫会社はすべての取引先に保証金差入を求めているのでしょうか？
相手先によって保証金の有無が変わるなら、業種業態か貴社自体に与信上の不安を抱いているのかもしれません。単刀直入に質問してみてはいかがでしょう。
そもそもが倉庫の寄託（委託）料金は前払いが基本なのですが、現状としては圧倒的に〆払いが多くなっています。
〆後1か月以内の支払い、手形はコンプライアンス上廃止・銀行振込のみ、という内容での取引が大多数です。

貴社委託先の物流会社の表現や申入れ方法がストレート過ぎるのだと思います。
ECの場合、月曜日や連休明けなどは出荷の大波が到来するので、当然ながら業務圧が上がります。容量を超える出荷指示件数を未消化（残荷）で終えれば、物流会社のミスとなるので、それを未然に防ぎたいのでしょう。
入荷についても、出荷の波が高い曜日を避けるのは当然の処置なのですが、その説明順序や組立て方に過去データからの分析と変更後の業務改善予測を「説明・相談」しなければ、一方的な通告と受け取られても仕方ありません。
そもそもが、このような取決めは、契約前の段階で行われることが通常です。その委託倉庫はEC企業の業務経験がないか、少ないかのいずれではないでしょうか？
頭からの「出荷制限」ではなく出荷内容によっての「当日処理」「当日〆後処理」「翌日処理」のようにデータ仕分を行えば、大きく変わります。
入荷についても出荷についても、結果として滞りが減ればよいので、いきなり「制限」という文字を切り出したことが不首尾だったと思います。
他の物流会社では上記のような言い回しと荷主理解の上で、実質的な入荷コントロールと出荷件数の集中緩和を行っています。

弊社意見としては「業務設計・管理、コスト管理・受注管理から引当・業務指示・完了管理・在庫マスター管理」ぐらいまでは自社でやるべき。
となりますが、巷では丸投げ型委託が多いことも事実です。ご質問のとおり、受託側が責任と権限のバランスを求めることは当然と考えますし、「任せてくれるなら結果は出す」という自信のあらわれと受け取れます。
「任せている」のか「支配されている」のかの線引きでお悩みと解しますが、委託先や個々の人材に依存しない業務設計を理想とするなら、丸投げ型はお勧めしません。
ちなみに国内最大手のEC会社は「物流業務は完全自社設計・自社運営。庫内作業の人員手当のみ他社に委託」です。

営業倉庫でも荷主従業員の常駐を受け入れる会社はありますし、見方を変えれば「自社倉庫の庫内作業のみ委託」と同じです。「自社手当の倉庫で庫内業務のみ委託」や「自社に好適な倉庫物件（専用フロアや単独賃借）の用意とその庫内作業の請負」に応えてくれる会社も候補として検索されてもよいのではないでしょうか。

ルート配送・集荷を基本としているので、どの個配業者を利用しても集荷回数や最終時間の変更は避けられません。
集荷経路や回数の組み換えは、運賃値上げと同時に再考されたポイントです。大手3社では珍しくなく、その他準大手では「ルート廃止」も相当数ありました。極端な一例では、幹線道路の向かい側までは集荷するがこちらには来ない、というのがあります。その他持込み時間の切上げや出荷方面仕分の条件化など、締め付けは強くなる一方です。
受注管理の段階で、日時指定の有無や配送地による所要日数区分と作業の優先順位決定など、内部処理で工夫して対応するケースが多いようです。
「即日発送・翌日配達が当たり前」という状態は終わりを迎えようとしています。

取引開始前に提出された見積項目が、そのまま請求項目となっていることが常識なのですが、その点はいかがですか？
現状の「梱包料」という項目での一式請求部分は、ご要望のとおりの区分で単価×個数（梱包区分がある場合はそれぞれに明記）で表現できるはずですし、他の物流会社では珍しくありません。もっと細かい作業項目と、そのエビデンスになる作業データを添付して請求書としている会社も多数あります。
ただし、見積や請求のフォームやそのデータ添付などの実運用は、委託側と受託側が相対で決定するものでありますので、他社事例や一般論は取引開始後に持出してもむなしい結果しか生みません。
請求額に疑義があるのなら、その旨を相手先の担当者に伝え、明細単価と金額の開示を求めるべきです。

情報が不足していますので、一般論での回答になります。
内製と委託では平均的な時間が違いますが、14時～16時が多く、15時が最多ゾーンになると思います。
貴社現場の事務処理や作業手順、そして何よりも週波動や出荷行数とピース数、事務と現場作業の人員数などが不明ですので、一概に評価できません。運送便も個配便なのか、ブロック毎に特定拠点へと送る契約便なのかによって、最終の集荷時間の決定に違いが出ますし、一日に何度〆があるのかも大きな要素になります。
受注から出荷業務への事務処理に時間がかかる場合、それを不可抗力にしているシステム面での理由があるのか否か？単純に工数比での人員数による処理能力の問題なのか？
出荷作業についても、業務フローをもとに同様の検証が必要と考えます。

その会社の人材派遣サービスも庫内システムもよく存じております。利用側からの評判も何社か。
人材派遣の評判は供給能力が〇と△の間、庫内システムは貴社業務には不適だと思います。画面構成や直感性には使用者個人の感覚が大いに作用するので評価は避けますが、それ以前の基本部分が不足しています。全部丸ごとではなく、運送と派遣のみを利用するなどの選択が良いのではないでしょうか。
システムについてはこのQ&Aで的確詳細な代案の回答をご用意することに無理があります。

貴社所在地のエリアとその近郊には、検品や加工作業の得意な会社がたくさんあります。巡り合わせが悪かっただけだと思います。委託先候補を検索する言葉を変えてみてはいかがでしょうか？大きな保管面積を必要としない商材ばかりですので、「倉庫・保管」などの要素にこだわる必要はありません。貴社の求める内容をそのまま打ち込んで検索すれば、何社かは見つかるはずです。（弊社で勝手にキーワード想定して検索してみましたが、結構ヒットしました）

この種の質問に対する弊社回答はいつも同じで、「EC専業会社は中心部から多少離れても、大きめの倉庫を借りて本社機能も同居するのが最善」です。現状賃料なら高確率で床面積が大幅に拡張でき、かつ単層か二層程度の物件であれば、入荷・保管・ピッキング・梱包などの業務効率が格段に上がります。コスト効率と業務品質が同時に上がる、という素晴らしい結果が期待できるのです。
半面、雇用の問題が起こる可能性も否めません。
勤務地は就職・就業の条件として上位に位置することが多く、単純に通勤経路・所要時間の変更や周辺環境への不満や不安、もっと単純な「そんな場所で働くのは嫌だ」などの個人的労働嗜好と志向。移転により大切な人材を失う可能性もあります。もちろんスタッフ各位への事前ヒアリングはなさるでしょうが、デリケートな部分ですので慎重に対処されるべきと申し添えます。
外部委託の場合は、自社完結していた業務が、時間制限によるキャパの硬直化、価値観のズレ、顧客サービスの定型化・簡素化などで調整が必要になります。その上でのコスト検証。
そしてご承知のとおり、現在の物流部門スタッフの雇用問題が一番最初に到来する課題となります。

見積の個別明細が不明ですので、あくまでエリア特性だけの回答になります。
保管料は関東＞関西＞中部。荷役（根拠は人件費）は保管料に同じ並び。配送料金については、貴社の契約料金は一定、、、企業ごとのタリフ根拠（単価設定理由）は決まっており、集荷地と配送先の距離やサイズ・重量で個別変動するだけです。北海道発なら配送エリアとサイズで料金決定しますし、東京発に変われば、同様の算出基準で計算されるはずです。全国に翌日配達できるエリアは存在しないので、その点では3ブロックとも同じです。総コストは一般的には南関東が最も高くなり、中部エリアは相対的に廉価です。