ロジ・ターミナル

明細不明ですので、断定的な物言いは避けますが、個配料金は請求マージン額の違いで差額発生しているだけで、貴社の基本運賃は同じ個配会社で同地域発送なら変わりません。
荷役と保管料と事務・システム経費・資材費などですが、30％前後の差はあり得ます。
双方が近隣エリア所在で似たような人員配置、一定以上の業務品質でミスが少なく、組織構成もしっかりしており、営業担当と現場担当の割振りがあって、という至極普通の物流会社の場合には、今回とは逆に「判で押したような」似通った見積が出てくるはずです。それなりの経験値を持ち、健常な経営を続けている企業ならば、着地が同じようなところになるからです。
出荷件数と行数、年間入荷数、平均在庫数、梱包形態などによって、コスト計算は変わってきますので、現状と新規見積の優劣を判断できません。物流会社の原価は建物の建築費もしくは仕入費（賃借料）に設備費用並びに維持コストと人件費です。そこに大きな差があり、その上に積む利益にも差がある場合、30％程度の総額差はあり得ます。
業務品質の加減評価をゼロにしての説明とお考え下さい。