ロジ・ターミナル

ご憤慨はとても理解できますが、結論から言えば、契約書の内容が優先されると思います。
解約要件に該当しない事由による契約解除は荷主側の自己都合解約とみなされますので、契約満了日までの保管料と実働荷役料、システム使用料、その他維持費項目があればその費用を物流会社は請求できます。
営業倉庫登録のある会社なら倉庫業法に基づいた権利が認められているので、事前の話し合いなく争うのは得策ではありません。ましてや一方的な支払拒否および減額は絶対にしてはいけません。貴社からすれば「相手こそ一方的ではないか」という言い分があり、度重なってきた不信や不実に対する憤りは我慢の限界、は理解・承知していますが、支払いを用いての意趣返しなどはなさらぬよう、どうか冷静に対処してください。
もはや弁護士などに相談されるべき状況となっているのかもしれませんが、仮に訴訟を起こして事の是非を問うても、裁判所からはすぐに和解の勧告が出され、「倉庫側の強引な通知の不手際と荷主側の頑な拒絶が相殺扱いされる」というのが関の山です。つまりは訴訟費用と手間のみが余分な実損として出て行ったという虚しい結末が待っていると想像できます。
次の委託先が見つかれば縁が切れる相手である、と割り切って、理性的な話合いは難しいのでしょうか？
争いは失うもののほうが多い、が弊社の知る大半の事例です。