ロジ・ターミナル

現倉庫と移転先倉庫の打ち合わせの有無によって回答が変わります。
受入れ先の要望に現倉庫が対応するためのオプションがあるのか否か？
移転梱包の仕様や手配車両の台数とスケジュール、作業人員数などの明細はどうなっているのか？
そのあたりがコストの変動要因となります。
「倍近い」という評価の積算根拠も不明です。
唯一申し上げられるのは「全量を一か所に一斉出荷した場合」の金額と比べてどうなのかです。
大型のチャーター便を使用して、梱包明細は通常通り個口ごとに付ける。
これなら「移転用の特別見積」ではなく「約定単価での積算」となります。
移転先倉庫を交えて、ご検討してみてはいかがでしょうか。

蛇足ですが、こういうケースでは「その時の立場はお互い様なので」という暗黙の了解で、移転元と先の倉庫同士が打ち合わせて、つつがなくことを終えるというのが通常のあるべき姿です。